Según un informe del Nodo de Derechos Humanos, el operativo del 4 de junio en Santiago Mexquititlán evidenció tortura, detenciones arbitrarias y violencia sexual contra integrantes de la comunidad ñhöñhö, en un contexto de despojo territorial ligado al proyecto Batán y a intereses inmobiliarios en Querétaro.
Colectivos y familias de personas desaparecidas denunciaron graves violaciones a la dignidad post mortem cometidas por el Instituto de Ciencias Forenses (INCIFO).